Šiuo metu teisė sertifikuoti NKP suteikta VšĮ „Ekoagros“ ir Lietuvos Respublikos žemės ūkio rūmų Sertifikavimo skyriui. Šios įstaigos yra akredituotos pagal standartą LST EN ISO/IEC 17065.
Teisė gali būti suteikta ir kitoms norą pareiškusioms įstaigoms, jei jos atitinka standarto LST EN ISO/IEC 17065 reikalavimus.
Pareiškėjas, norintis auginti, gaminti ir (ar) perdirbti bei tiekti rinkai NKP ir ženklinti juos atitinkamu NKP ženklu, turi vadovautis žemės ūkio ministro patvirtintomis atskirų maisto produktų grupių specifikacijomis. Jei pareiškėjas pageidauja gaminti maisto produktus, kuriems specifikacija šiuo metu dar nėra patvirtinta, jis gali parengti konkrečių produktų specifikacijas, kurių reikalavimai turi būti ne žemesni nei numatyta NKP grupių specifikacijose, bei teikti jas ministerijai tvirtinti.
NKP bei jų auginimo, gamybos ir (ar) perdirbimo procesas turi būti sertifikuotas ir prižiūrimas sertifikavimo įstaigos. Sertifikavimas ir (arba) priežiūra atliekami pareiškėjo raštišku prašymu, pateikiamu šiai sertifikavimo įstaigai. Prašymo pateikimo formą ir laiką, papildomų dokumentų sąrašą, sertifikavimo ir priežiūros procedūras bei įkainius nustato sertifikavimo įstaiga.
Sertifikavimo įstaiga, gavusi pareiškėjo prašymą, per 30 kalendorinių dienų priima sprendimą dėl patikros atlikimo. Patikros vietoje metu neatitikčių neradus, sertifikavimo įstaiga ne vėliau kaip per 30 kalendorinių dienų nuo patikros atlikimo išduoda sertifikatą ir kartu suteikia teisę naudoti NKP ženklą ir tiekti NKP rinkai. Išdavus sertifikatą, pareiškėjas įtraukiamas į sertifikavimo įstaigos tvarkomą informacinę sistemą ir tinklalapyje viešai skelbiamą subjektų, auginančių, gaminančių, perdirbančių ir tiekiančių rinkai sertifikuotus NKP, sąrašą. Sertifikatas galioja iki jo trečiųjų galiojimo metų gruodžio 31 dienos, jei gaminami ir perdirbami bei tiekiami rinkai NKP ir jų gamybos procesas atitinka nustatytus reikalavimus.
Sertifikavimo įstaiga vykdo planinę priežiūrą, kurios metu privalomai tikrina NKP auginimo, gamybos ir perdirbimo proceso bei NKP atitiktį reikalavimams 1 kartą per metus. Atsižvelgiant į planinės patikros rezultatus, esant nusiskundimų ar kilus įtarimų dėl galimų pažeidimų, sertifikavimo įstaiga turi teisę atlikti neplanines patikras be išankstinio įspėjimo ir paimti mėginius laboratoriniams tyrimams atlikti.