Siekiant skatinti produktų gamybą pagal nacionalinės maisto kokybės sistemos reikalavimus, taip pat jų vartojimą bei asortimento plėtrą, šioje sistemoje dalyvaujantiems ūkininkams teikiama parama:
- pagal Lietuvos kaimo plėtros 2014–2020 metų programos priemonę „Žemės ūkio ir maisto produktų kokybės sistemos“. Pagal šią priemonę, pirmą kartą žemės ūkio ir maisto produktų kokybės sistemose dalyvaujantiems ūkininkams numatoma kompensuoti papildomas, su dalyvavimu kokybės sistemoje susijusias išlaidas: produktų sertifikavimo, kontrolės, tyrimų, reikalingų įrodyti atitiktį keliamiems reikalavimams. Parama teikiama ne ilgiau kaip penkerius metus. Didžiausia numatyta galima paramos suma vienai žemės ūkio valdai per metus: ekologiškų produktų gamybos sistemos dalyviams - 2998 Eur; ES pripažintų produktų gamybos sistemų dalyviams – 2776 Eur; nacionalinės maisto kokybės sistemos dalyviams – 2895 Eur.
Paraiškos pagal šią priemonę po 2019 m. nerenkamos. Ateinančiam laikotarpiui numatyta parama tik dėl tęstinių įsipareigojimų.
- pagal Lietuvos kaimo plėtros 2014–2020 metų programos priemonės „Agrarinė aplinkosauga ir klimatas“veiklą „Tausojanti aplinką vaisių ir daržovių auginimo sistema“, kurios lėšomis pagal nacionalinę žemės ūkio ir maisto kokybės sistemą sertifikuotų vaisių, uogų ir daržovių augintojams kompensuojami derliaus nuostoliai, patiriami dėl papildomų aplinkosauginių reikalavimų laikymosi. Paramos dydis: daržovėms ir bulvėms – 318 Eur už ha; vaisiams ir uogoms – 336 Eur už ha. Įsipareigojimai pagal šią priemonę prisiimami 5 arba 6 metų laikotarpiui.
- Parama pagal ekologinę sistemą „Tausojanti vaisių, uogų ir daržovių programa (NKP)“, kuria siekiama paskatinti vaisių, uogų ir daržovių augintojus diegti aplinkai palankesnes gamybos technologijas. Pretenduojant į paramą svarbu turėti NKP sertifikatą atviram grunte auginamiems vaisiams, uogoms ar daržovėms, ženklinamiems NKP ženklu „Kokybė“. Tinkamas paramai plotas ir žemės ūkio naudmenų tipas − ne mažesnis kaip 1 ha ariamojoje žemėje ir daugiamečiuose sodiniuose. Reikia prisiimti ekologinėje sistemoje numatytus įsipareigojimus, kurių trukmė 3 metai (paraišką teikiant kasmet).
Be to, teikiama valstybės pagalba kokybiškų maisto produktų gamybai skatinti, jų populiarinimui ir realizavimui finansuoti: