Tarptautinė žuvininkystės plėtros vidurio ir rytų europoje organizacija (toliau- EUROFISH) vienija 12 valstybių Europoje. EUROFISH daugiausia dėmesio skiria žuvininkystės ir akvakultūros produktų prekybai ir rinkodarai, perdirbimui ir akvakultūrai. Pagrindiniai organizacijos tikslai yra dirbti jos valstybių narių naudai: teikti informaciją apie rinką ir prekybą; propaguoti aukštos kokybės, didesnės pridėtinės vertės žuvininkystės produktus; rengti įvairius leidinius; kartu su valstybių vyriausybėmis ir rėmėjais plėtoti mokymo programas ir gebėjimų stiprinimo projektus; teikti techninę pagalbą infrastruktūros ir žmogiškųjų gebėjimų plėtros projektams; teikti pagalbą ir konsultuoti rengiant projektus, galimybių studijas ir verslo planus. Reguliariai organizuojami seminarai, konferencijos ir kiti renginiai EUROFISH narių valdžios institucijų ir žuvininkystės bei susijusių sektorių atstovams. Organizacija glaudžiai bendradarbiauja su JT Maisto ir žemės ūkio organizacija (FAO) ir Pasaulio prekybos organizacija (WTO). Lietuvos institucijų ir žuvininkystės sektoriaus atstovai dalyvauja šios organizacijos rengiamuose mokymuose ir seminaruose, naudojasi sukaupta informacija apie žuvininkystės produktų rinką, prekybą. Lietuvos žuvininkystės sektorius reprezentuojamas EUROFISH žurnale.

Tarptautinė jūrų tyrinėjimų taryba (toliau- ICES) planuoja ir koordinuoja jūrinius tyrimus Šiaurės Atlante (įskaitant Baltijos jūrą); teikia mokslines rekomendacijas vyriausybėms ir tarptautinėms organizacijoms; kaupia informaciją ir duomenis apie jūrų žvejybą, okeanografiją ir jūrinę aplinką; skelbia mokslinę informaciją ir rekomendacijas.  Dalyvavimas ICES veikloje Lietuvai leidžia vykdyti Susitarime dėl 1982 m. gruodžio 10 d. Jungtinių Tautų jūrų teisės konvencijos nuostatų, susijusių su vienos valstybės ribas viršijančių žuvų išteklių ir toli migruojančių žuvų išteklių apsauga ir valdymu, įgyvendinimo (kuris buvo ratifikuotas 2006 m. spalio 24 d. įstatymu Nr. X-876) nustatytą įpareigojimą valstybėms tiesiogiai ar per kompetentingas tarptautines organizacijas bendradarbiauti stiprinant žvejybos srities mokslinių tyrimų pajėgumus bei skatinant mokslinius tyrimus, susijusius su vienos valstybės ribas viršijančių žuvų išteklių ir toli migruojančių žuvų išteklių apsauga ir valdymu. ICES, remdamasi savo ir susitariančiųjų šalių mokslininkų atliktų mokslinių tyrimų duomenimis, teikia Europos Komisijai ir Žvejybos šiaurės rytų Atlante komisijai (NEAFC) rekomendacijas dėl žuvų išteklių Baltijos jūroje ir Šiaurės Atlante būklės. Dalyvaudama šios organizacijos darbe, Lietuva gali gauti naujausią mokslinę informaciją apie žuvų išteklių būklę, taip pat daryti įtaką dėl rekomenduojamų žvejybos kvotų dydžių nustatymo ir tokiu būdu atstovauti Lietuvos žvejybos sektoriaus interesams. Lietuvos mokslininkai ir tarnautojai gali naudotis ICES sukaupta naujausia moksline informacija, dalyvauti šios organizacijos mokslinių komitetų ir grupių veikloje.

Baltijos jūros patariamosios tarybos (toliau- BSAC) tikslas yra rengti ir teikti ES ir valstybių narių institucijoms, kitoms organizacijoms savo nuomonę ir rekomendacijas dėl žuvininkystės Baltijos jūroje valdymo atsižvelgiant į žuvininkystės sektoriaus ir kitų suinteresuotų grupių interesus, kad būtų pasiekti ES bendrosios žuvininkystės politikos tikslai. BSAC veikla prisideda prie didesnio sektoriaus atstovų įtraukimo į ES bendrosios žuvininkystės politikos formavimo ir įgyvendinimo procesą. Naujoje ES Bendrojoje žuvininkystės politikoje ypatingas dėmesys skiriamas patariamosioms taryboms ir jų vaidmeniui bei bendradarbiavimui su valstybėmis narėmis. Lietuva, turinti žvejybos interesą Baltijos jūroje, prisideda prie šios patariamosios tarybos geresnio atitinkamų valstybių narių žuvininkystės sektoriaus atstovų tarpusavio bendradarbiavimo ir interesų atstovavimo.

Tolimojo plaukiojimo patariamosios tarybos (toliau- LDAC) tikslas yra rengti ir teikti ES ir valstybių narių institucijoms, kitoms organizacijoms savo nuomonę ir rekomendacijas dėl žvejybos pagal susitarimus su trečiosiomis šalimis bei regioninių žvejybos organizacijų reguliuojamose akvatorijose, kuriose ES yra pasirašančioji šalis arba partnerės ir kurių vandenyse veikia bendrijos laivynas. LDAC veikla siekiama, kad tolimojo plaukiojimo sektoriaus atstovai įsitrauktų į ES bendrosios žuvininkystės politikos formavimo ir įgyvendinimo procesą. Lietuvos įsitraukimas ir dalyvavimas LDAC metiniuose renginiuose naudingas, nes žvejyba tolimuosiuose žvejybos rajonuose 2017–2019 metais sudarė daugiau kaip 80 proc. Lietuvos sugavimų ir tokio pobūdžio žvejyba yra labai svarbi Lietuvos žuvininkystės sektoriui.

Europos žemės ūkio tyrimų iniciatyva (EURAGRI) – tarptautinė politinių bei vykdomųjų organizacijų platforma, skirta žemės ūkio mokslo, jo ryšio su visuomene politikos formavimui. Ši organizacija kasmet rengia diskusijas apie ES valstybių žemės ūkio mokslo plėtrą, naujų ES valstybių narių žemės ūkio mokslo integraciją į Europos žemės ūkio mokslo erdvę bei tarptautinių žemės ūkio tyrimų programų strategiją. Žemės ūkio ministerija Europos žemės ūkio tyrimų iniciatyvos veikloje dalyvauja nuo 2004 metų.

Jungtinės programos iniciatyva „Žemės ūkis, aprūpinimas maistu ir klimato kaita“ (FACCE JPI) – bendra Europos Sąjungos iniciatyva, kurios tikslas yra numatyti bendrus veiksmus ir priemones, padėsiančias spręsti strategiškai svarbias europines problemas ir veiksmingai panaudoti ne tik ES biudžeto, bet ir nacionalinių mokslinių tyrimų programų lėšas. Į šią iniciatyvą (kartu su Lietuva) yra  įsijungusios 23 šalys, kurios yra įsipareigojusios kurti integruotą Europos mokslinių tyrimų erdvę, skirtą tarpusavyje susijusioms tvaraus žemės ūkio, aprūpinimo maistu ir klimato kaitos problemoms spręsti.

ŽŪM prie šios iniciatyvos prisijungė 2018 m.

Europos regioninė gyvūnų genetinių išteklių koordinavimo tarnyba (ERFP) yra regioninė platforma, skirta palaikyti in situ ir ex situ gyvūnų genetinių išteklių išsaugojimą ir tvarų jų naudojimą (AnGR) bei palengvinti FAO pasaulinio veiksmų plano įgyvendinimą. Nuo 2001 m. ERFP palengvina įvairių Europos valstybių, vyriausybinių ir nevyriausybinių organizacijų bendradarbiavimą, darbo koordinavimą ir keitimąsi informacija bei patirtimi

Šioje tarptautinėje organizacijoje svarstomi klausimai, susiję su šios sutarties įgyvendinimu, — prisijungimas prie genetinių išteklių, mainai genetiniais ištekliais, naudos dalijimosi sistemos principai. Lietuva, dalyvaudama šios tarptautinės organizacijos veikloje, prisideda formuojant poziciją tarptautinės sutarties įgyvendinimo klausimais.

Paskutinė atnaujinimo data: 2021-03-30