4. Skyriaus pagrindiniai uždaviniai:
4.1. formuoti tausią žvejybą jūrų ir vidaus vandenyse, tvarią akvakultūrą, kokybiškų ir konkurencingų žuvininkystės produktų gamybą, tiekimą rinkai ir vartojimą skatinančią Lietuvos Respublikos žuvininkystės politiką, nustatyti Lietuvos žuvininkystės sektoriaus plėtros prioritetus, sudaryti teisines sąlygas funkcionuoti žuvininkystės sektoriui, organizuoti, koordinuoti ir kontroliuoti Lietuvos Respublikos žuvininkystės politikos įgyvendinimą;
4.2. dalyvauti formuojant Europos Sąjungos (toliau – ES) bendrąją žuvininkystės politiką, integruotą regioninę žuvininkystės politiką, organizuoti, koordinuoti ir kontroliuoti jų įgyvendinimą Lietuvoje;
4.3. pagal kompetenciją dalyvauti formuojant vidaus vandenų žuvų išteklių išsaugojimo ir atkūrimo politiką, organizuojant, koordinuojant ir kontroliuojant jos įgyvendinimą.
5. Skyrius atlieka šias specialiąsias funkcijas:
5.1. įgyvendindamas 4.1 papunktyje nurodytą uždavinį:
5.1.1. rengia nacionalines žuvininkystės duomenų rinkimo ir Lietuvos žuvininkystės kontrolės programas, koordinuoja ir kontroliuoja jų įgyvendinimą;
5.1.2. formuoja ir tobulina duomenų apie žuvininkystės sektorių rinkimo metodikas;
5.1.3. organizuoja ir koordinuoja nacionalinės paramos žuvininkystės sektoriui politikos įgyvendinimą;
5.1.4. inicijuoja Lietuvos Respublikos prisijungimą prie žuvininkystės veiklą reglamentuojančių tarptautinių susitarimų, koordinuoja šių susitarimų vykdymą Lietuvoje, siekia užtikrinti Lietuvos žvejybos laivynui žvejybos galimybes ir palankias veiklos sąlygas pagal ES susitarimus su trečiosiomis valstybėmis bei regioninėse žuvininkystės valdymo organizacijose;
5.1.5. analizuoja žuvininkystės sektorių, rengia žuvininkystės sektoriaus ekonominės ir socialinės būklės apžvalgas, pagal kompetenciją planuoja ir inicijuoja mokslo tiriamuosius darbus, teikia siūlymus dėl mokslo ir mokymo žuvininkystės sektoriuje politikos formavimo bei dalyvauja ją įgyvendinant;
5.1.6. teikia siūlymus dėl žuvininkystės produktų gamybos ir prekybos skatinimo ir ekonominio reguliavimo priemonių (subsidijų, kvotų, akcizų, mokesčių, kreditų, muitų ir kt.) taikymo;
5.1.7. inicijuoja tarptautinius ir nacionalinius projektus žuvininkystės sektoriuje, dalyvauja juos įgyvendinant;
5.2. įgyvendindamas 4.2 papunktyje nurodytą uždavinį:
5.2.1. užtikrina ES teisės (acquis communautaire) žuvininkystės srityje perkėlimą į Lietuvos Respublikos nacionalinę teisę, rengia nacionalines ES bendrosios žuvininkystės politikos įgyvendinimo priemones, koordinuoja ir kontroliuoja jų vykdymą;
5.2.2. rengia ir derina Lietuvos Respublikos pozicijas ES institucijose nagrinėjamais žuvininkystės srities klausimais, užtikrina efektyvų atstovavimą Lietuvos Respublikos interesams ES institucijose;
5.2.3. koordinuoja žuvininkystės atašė Lietuvos nuolatinėje atstovybėje Europos Sąjungoje veiklą Lietuvos pozicijų žuvininkystės srityje rengimo ir atstovavimo klausimais;
5.2.4. pagal kompetenciją dalyvauja ES Tarybos darbo grupių, Europos Komisijos komitetų ir kitų ES institucijų darbo organų posėdžiuose ir pristato juose Lietuvos Respublikos poziciją;
5.2.5. palaiko ryšius su ES valstybių narių ir trečiųjų valstybių institucijomis, tarptautinėmis ir regioninėmis žuvininkystės organizacijomis, mokslo bei mokymo institucijomis, tiesiogiai bei ES delegacijų sudėtyje atstovauja jose Lietuvos Respublikai;
5.2.6. kaupia, analizuoja ir apibendrina esamą mokslinę ir praktinę informaciją apie Lietuvos žvejybos laivų pagrindinių žvejojamų rūšių žuvų būklę;
5.3. įgyvendindamas 4.3 papunktyje nurodytą uždavinį:
5.3.1. rengia nacionalines žuvivaisos programas, koordinuoja jų įgyvendinimą;
5.3.2. rengia perleidžiamųjų teisių į žvejybos vidaus vandenyse kvotas suteikimo ir verslinės žvejybos vidaus vandenyse kvotų skyrimo tvarkos aprašus, koordinuoja ir kontroliuoja jų įgyvendinimą.
6. Be pirmiau išvardytų specialiųjų tik skyriaus kompetencijai priskirtų funkcijų, pagal kompetenciją skyrius vykdo ir kitas funkcijas:
6.1. rengia Lietuvos Respublikos įstatymų, Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimų ir kitų teisės aktų projektus, analizuoja kitų ministerijų ir institucijų parengtus teisės aktų projektus, teikia pastabas ir pasiūlymus dėl jų;
6.2. formuoja poziciją dėl Lietuvos Respublikos ir (arba) ES narystės tarptautinėse žuvininkystės srities organizacijose;
6.3. dalyvauja rengiant ES teisės aktų ir tarptautinių susitarimų žuvininkystės sektoriuje projektus, koordinuoja šių susitarimų vykdymą Lietuvoje;
6.4. dalyvauja ministerijos ar kitų institucijų ar įstaigų sudarytų komisijų, komitetų, darbo grupių veikloje, rengia ir inicijuoja pasitarimus, posėdžius, konferencijas, seminarus bei vykdo kitus ministerijos vadovybės nenuolatinio pobūdžio pavedimus;
6.5. koordinuoja ir kontroliuoja ministerijai pavaldžių ir jos valdymo sričiai priskirtų įstaigų, įmonių ir bendrovių veiklą;
6.6. nagrinėja asmenų prašymus, pareiškimus, skundus, siūlymus, imasi priemonių juose keliamiems klausimams spręsti, konsultuoja įmones, įstaigas, organizacijas bei kitus asmenis;
6.7. vykdo kitas teisės aktų nustatytas funkcijas;
6.8. atlieka išankstinę, einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę pagal ministerijos finansų kontrolę reglamentuojančiuose teisės aktuose nustatytus veiksmus.