5. Departamento pagrindiniai uždaviniai yra:
5.1. dalyvauti formuojant žemės ir maisto ūkio, kaimo plėtros bei žuvininkystės finansų politiką;
5.2. sudaryti valstybės biudžetą, reikalingą žemės ūkio ministro valdymo srities politikai formuoti;
5.3. užtikrinti racionalų valstybės biudžeto asignavimų naudojimą, vykdant vidaus kontrolę valstybės biudžeto sudarymo srityje bei atliekant finansų kontrolę priskirtose srityse.
5.4. dalyvauti formuojant politiką nacionalinėmis lėšomis finansuojamų finansinių priemonių ir valstybės pagalbos priemonių, susijusių su palūkanų ir garantinių įmokų kompensavimu, srityje;
5.5. formuoti ūkininkų ūkių ir kitų žemės ūkio veikla užsiimančių subjektų apskaitos politiką;
5.6. dalyvauti formuojant žemės ūkio veiklą vykdančių subjektų mokesčių politiką;
5.7. tobulinti atsiskaitymų su žemės ūkio produkcijos pardavėjais už iš jų pirktą žemės ūkio produkciją sąlygas ir tvarką;
6. Departamentas, įgyvendindamas pavestus uždavinius, vykdo šias funkcijas:
6.1. įgyvendindamas 5.1 papunktyje nurodytą uždavinį:
6.1.1. dalyvauja formuojant valstybės politiką Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto sudarymo srityje: analizuoja teisės aktų projektus, reglamentuojančius valstybės biudžeto sudarymą, teikia pastabas ir siūlymus;
6.1.2. dalyvauja rengiant teisės aktus ir kitus dokumentus, reikalingus Nacionalinio pažangos plano ir kitų strateginių dokumentų uždaviniams įgyvendinti, teikia siūlymus dėl vykdomų priemonių, naujų veiksmų ir projektų finansavimo šaltinių;
6.1.3. dalyvauja rengiant teisės aktus, susijusius su kitiems subjektams (nepavaldžioms biudžetinėms įstaigoms arba nebiudžetinėms įstaigoms) pavestų funkcijų vykdymu ir finansavimu;
6.1.4. dalyvauja formuojant Europos Sąjungos (toliau – ES) Bendrąją žemės ūkio politiką (toliau – BŽŪP) finansų valdymo srityje, atstovauja Lietuvos Respublikos interesams ES Tarybos Finansinių žemės ūkio klausimų darbo grupėje ir Europos Komisijos Žemės ūkio fondų komitete ES BŽŪP finansų valdymo ir žemės ūkio srities ES biudžeto sudarymo klausimais;
6.1.5. rengia ir dalyvauja rengiant teisės aktus, dokumentus ir informaciją, susijusius su ES žemės ūkio fondų, ES žuvininkystės fondų ir nacionalinės paramos priemonių administravimu bei su žemės ūkio ir žuvininkystės politikos finansavimo klausimais;
6.1.6. pagal kompetenciją rengia ir (ar) dalyvauja rengiant bei tobulinant teisės aktus, susijusius su Lietuvos Respublikos žemės ūkio ir miškininkystės paslaugų teikimo pagal paslaugų kvitą įstatymo įgyvendinimu;
6.1.7. pagal kompetenciją teikia pastabas ir siūlymus dėl Užimtumo įstatymo nuostatų pritaikymo žemės ūkio veikla užsiimantiems asmenims;
6.1.8. koordinuoja Ūkių apskaitos duomenų tinklo veiklos užtikrinimo darbus, administruoja lėšas, skirtas šio tinklo veiklai;
6.1.9. pagal kompetenciją rengia atsakymus į Lietuvos Respublikos Seimo, Vyriausybės, institucijų persiųstus žemės ūkio veikla užsiimančių subjektų paklausimus žemės ūkio ir miškininkystės paslaugų teikimo ir kitais klausimais;
6.1.10. pagal kompetenciją konsultuoja žemės ūkio ir miškininkystės paslaugų teikimo pagal paslaugų kvitą klausimais;
6.2. įgyvendindamas 5.2 papunktyje nurodytą uždavinį:
6.2.1. rengia valstybės biudžeto projektą ir užtikrina efektyvų lėšų paskirstymą formuojant žemės ūkio ministro valdymo srities politiką;
6.2.2. sudaro patvirtintą metinį valstybės biudžetą, stebi ir analizuoja jo vykdymo eigą, prireikus jį tikslina;
6.2.3. teikia siūlymus dėl ministerijos asignavimų valdymo, vykdomų priemonių, naujų veiksmų ir projektų galimų finansavimo šaltinių;
6.2.4. analizuoja lėšų poreikį valstybės kapitalo investicijoms, planuoja jas valstybės biudžete, stebi jų naudojimo eigą, rengia šių lėšų panaudojimo ataskaitas bei teikia suinteresuotoms institucijoms;
6.2.5. dalyvauja planuojant lėšų poreikį Nacionalinio pažangos plano, Ekonomikos gaivinimo ir atsparumo didinimo priemonės veiksmams, projektams ir (ar) priemonėms įgyvendinti; renka, apibendrina, analizuoja ir teikia informaciją apie skirtas lėšas ir jų panaudojimą ministerijos struktūriniams padaliniams ir kitoms suinteresuotoms institucijoms;
6.2.6. organizuoja žemės ūkio ministro valdymo srities informacijos, skirtos valstybės piniginių išteklių srautų prognozėms rengti, teikimą ir perdavimą Lietuvos Respublikos finansų ministerijai;
6.3. įgyvendindamas 5.3 papunktyje nurodytą uždavinį:
6.3.1. rengia arba dalyvauja rengiant teisės aktus ir kitus dokumentus, susijusius su finansų kontrolės atlikimu ministerijoje;
6.3.2. rengia ministerijos programų priemonėms įgyvendinti skirtų lėšų naudojimo tvarką, nustato ministerijos vykdomų programų priemonėms įgyvendinti sudarytų sutarčių įvykdymo vertinimo ataskaitos formą bei tinkamų finansuoti išlaidų ir jų pagrindimo dokumentų aprašą, sudaro ir teikia tvirtinti ministerijos programų priemonių, finansuojamų iš valstybės biudžeto lėšų, vadovų ir atsakingų asmenų sąrašą;
6.3.3. nagrinėja ministerijos pavaldžių biudžetinių įstaigų prašymus dėl šioms įstaigoms patvirtintų biudžeto lėšų naudojimo reprezentacinėms išlaidoms, tikrina, ar šių įstaigų prašoma leisti naudoti reprezentacinėms išlaidoms suma neviršija teisės aktų nustatyto dydžio, ir nustato lėšų reprezentacinėms išlaidoms dydį;
6.3.4. atlieka vidaus kontrolę biudžeto projekto rengimo ir biudžeto sudarymo srityje;
6.3.5. atlieka išankstinę finansų kontrolę prieš sudarant kitų subjektų (nepavaldžių biudžetinių įstaigų arba nebiudžetinių įstaigų) finansavimo, akcijų pasirašymo sutartis, t. y. patikrina, ar biudžete numatyta pakankamai lėšų planuojamoms pasirašyti sutartims, ir jas vizuoja;
6.3.6. pagal kompetenciją atlieka išankstinę finansų kontrolę kitiems administracijos padaliniams inicijuojant viešuosius pirkimus ir sudarant prekių, paslaugų ir darbų pirkimų sutartis, kaip numatyta Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijos supaprastintų viešųjų pirkimų taisyklėse, patvirtintose Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministro 2008 m. rugsėjo 15 d. įsakymu Nr. 3D-502 „Dėl Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijos viešųjų pirkimų“;
6.3.7. atlieka einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę, departamentui inicijavus viešuosius pirkimus ir sudarius prekių, paslaugų ir darbų pirkimo sutartis bei administruojant lėšas, skirtas Ūkių apskaitos duomenų tinklo veiklai užtikrinti ir UAB „Investicijų ir verslo garantijos“ valstybės pagalbos priemonėms įgyvendinti, atsižvelgiant į Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministro 2011 m. balandžio 12 d. įsakymo Nr. 3D-314 „Dėl Žemės ūkio ministerijos programų priemonėms įgyvendinti skirtų lėšų administravimo tvarkos aprašo patvirtinimo“ nuostatas;
6.3.8. tikrina valstybės rezervo materialinius išteklius saugančių įmonių teikiamus dokumentus dėl išlaidų apmokėjimo ir teikia juos apmokėti;
6.3.9. rengia teisės aktų projektus ir kitus dokumentus, susijusius su lengvatinių paskolų, suteiktų fiziniams ir juridiniams asmenims, nurašymu;
6.4. įgyvendindamas 5.4 papunktyje nurodytą uždavinį:
6.4.1. rengia teisės aktus ir kitus dokumentus, susijusius su departamento kompetencijai priskirtų valstybės pagalbos priemonių įgyvendinimu (subsidijų teikimu palūkanoms, garantinėms įmokoms kompensuoti);
6.4.2. rengia teisės aktus ir kitus dokumentus, susijusius su garantijų teikimu ir UAB „Investicijų ir verslo garantijos“ vykdoma veikla;
6.4.3. rengia teisės aktus ir kitus dokumentus, susijusius su nacionalinėmis lėšomis finansuojamų finansinių priemonių (lengvatinių paskolų) įgyvendinimu;
6.5. įgyvendindamas 5.5 papunktyje nurodytą uždavinį:
6.5.1. rengia teisės aktus ir rekomendacijas, skirtas ūkininkų ūkių ir gyventojų, kurie neįregistravę ūkininko ūkio verčiasi individualia žemės ūkio veikla, veiklos buhalterinės apskaitos tvarkymui ir finansinės atskaitomybės sudarymui;
6.5.2. dalyvauja tobulinant žemės ūkio įmonių ir žemės ūkio kooperatinių bendrovių (kooperatyvų) buhalterinės apskaitos ir finansinės atskaitomybės sistemas;
6.5.3. nustato žemės ūkio veiklos pajamų dalies visose subjekto veiklos pajamose apskaičiavimo principus;
6.5.4. pagal kompetenciją konsultuoja ūkininko ūkio buhalterinės apskaitos tvarkymo ir finansinės atskaitomybės sudarymo, žemės ūkio įmonių ir kooperatinių bendrovių finansinės atskaitomybės rengimo bei žemės ūkio veiklos pajamų dalies apskaičiavimo, klausimais;
6.6. įgyvendindamas 5.6 papunktyje nurodytą uždavinį:
6.6.1. pagal kompetenciją teikia pastabas ir siūlymus rengiant ir tobulinant žemės ūkio veiklos subjektų mokesčius reglamentuojančių teisės aktų projektus;
6.6.2. pagal kompetenciją atlieka apmokestinimo principų įtakos žemės ūkio subjektų finansinei situacijai vertinimą;
6.6.3.nustato žemės ūkio valdos ar ūkio bendrojo standartinio gamybinio pelno ir ekonominio dydžio, išreiškiamo ekonominio dydžio vienetais;
6.6.4. kalendoriniams metams pasibaigus, surenka ministerijos valdymo sričiai priskirtų įstaigų ir įmonių siūlymus dėl valstybės rinkliavų dydžių pakeitimo, apibendrina juos ir teikia Finansų ministerijai;
6.6.5. pagal kompetenciją rengia atsakymus į Lietuvos Respublikos Seimo, Vyriausybės, institucijų persiųstus žemės ūkio veikla užsiimančių subjektų paklausimus dėl mokesčių politikos įgyvendinimo;
6.6.6. pagal kompetenciją konsultuoja dėl žemės ūkio valdos ar ūkio bendrojo standartinio gamybinio pelno ir ekonominio dydžio, išreiškiamo ekonominio dydžio vienetais, apskaičiavimo;
6.7. įgyvendindamas 5.7 papunktyje nurodytą uždavinį:
6.7.1. rengia teisės aktus bei jų pakeitimo projektus, reglamentuojančius atsiskaitymo sąlygas ir tvarką už supirktą žemės ūkio produkciją tarp šios produkcijos pardavėjų ir pirkėjų;
6.7.2. sistemina informaciją apie atsiskaitymų su žemės ūkio produkcijos pardavėjais už iš jų pirktą produkciją būklę;
6.7.3. pagal kompetenciją rengia atsakymus į Lietuvos Respublikos Seimo, Vyriausybės, institucijų persiųstus žemės ūkio veikla užsiimančių subjektų paklausimus atsiskaitymo už supirktą žemės ūkio produkciją;
6.7.4. pagal kompetenciją konsultuoja atsiskaitymo už supirktą žemės ūkio produkciją klausimais;
6.8. pagal kompetenciją teikia paaiškinimus, rekomendacijas ir informaciją ministerijos valstybės tarnautojams (darbuotojams) klausimais, susijusiais su departamento kompetencija;
6.9. nagrinėja iš Lietuvos Respublikos Seimo, Vyriausybės, kitų institucijų, įstaigų, organizacijų, įmonių ir paramos gavėjų gautus paklausimus, prašymus, pranešimus ir skundus ir pagal departamento kompetenciją rengia arba dalyvauja rengiant atsakymų projektus;
6.10. pagal departamento kompetenciją atstovauja ministerijai kitose institucijose, įstaigose, įmonėse ir organizacijose, dalyvauja ministerijos sudarytų komisijų, komitetų, darbo grupių ir projektinėse veiklose;
6.11. pagal kompetenciją koordinuoja ir kontroliuoja ministerijai pavaldžių ir jos valdymo sričiai priskirtų įstaigų, įmonių ir bendrovių veiklą;
6.12. pagal kompetenciją vykdo kitas teisės aktų nustatytas funkcijas.